Kao dio prve i osnovne misije, obrazovanja, FabLab surađuje sa većim broje osnovnih škola na području Hrvatske. Suradnja se kreće od posjeta za neka događanja u školi poput dana škole, preko provođenja radionica za djecu ali i učitelje, do uključivanja pojedinih škola u projekte na kojima radi udruge.

Tako su na razini EU projekata, u sklopu FabLabNet projekta uključene u projekt kao vanjski partneri bile dvije škole, a kroz DOIT projekt su uključene tri škole. Na nacionalnoj razini, udruga kroz projekt STEAM tjedan surađuje sa dvadesetak škola na području Hrvatske.